干扰素的主要副作用表现为：早期常有发热、畏寒、流感样症状、头痛等，一般持续几天至几周后即可消失。晚期则可有乏力，食欲不佳、体重下降等症。个别病例可有贫血、血小板减少、肝肾功能损害及一些较为罕见的毒副作用。新近的研究结果显示：干扰素与化疗联合应用，疗效可进一步提高。强烈化疗抑制ph阳性克隆的临床作用起效快，但维持的时间短暂；而干扰素抑制ph阳性造血的作用缓慢却维持时间较长。将两者联合起来可取长补短，起到协同作用。在骨髓移植后的病人中应用干扰素，有消灭微小残留病，减少白血病复发的作用。
四是骨髓移植及外周血造血干细胞移植:
1自体骨髓或自体外周血造血干细胞移植慢粒的目的主要是延长慢性期或使晚期病人重新回到慢性期，从而延长病人的生存期。此种移植很难达到治愈慢粒的目的。
2同基因骨髓移植：骨髓移植是对慢粒病人进行骨髓移植治疗的最早尝试。若有同卵双胎的供者，在慢粒慢性期进行骨髓移植是可行的治疗方法。同基因骨髓移植无移植物抗宿主病(GVHD)，白血病复发率较异基因骨髓移植要高。另外有同卵双胎供者的机会毕竟很少，因此临床实际进行同基因
骨髓移植的病例数并不太多。
3同种异基因骨髓移植：同种异基因骨髓移植(Allo-BMT)几乎是目前能够彻底治愈慢粒的唯一手段，也是慢粒治疗的最佳方法。据国际骨髓移植 登记处1993年的统计结果：Allo-BMT治疗慢粒的五年生存率为：慢性期：45%，加速期或第2次和第2次以上的慢性期36%；急变期：9%。由此可见，选择慢粒慢性进行Allo-BMT是治疗的最佳时机。
五是其他治疗：
对于中巨脾并有明显脾区症状的病人可考虑进行脾区照射或实行脾切除治疗。但此治疗方法只能减轻症状和去除脾功能亢进，减少输血，使血小板输注疗效增加，却不能使化疗药物对白血病细胞的作用加强，也不能改变病程，不能延长生存期和减少急变率。另外病人在白细胞过高的情况下进行化疗，可导致核酸大量分解而继发高尿酸血症，故常在慢粒化疗的同时给予别嘌呤醇和碳酸氢钠等辅助治疗，以防大量尿酸结晶阻塞肾小管而引起尿梗阻和出现急性肾功能衰竭等。
六是加速期和急变期的治疗：
一旦进入加速期病情多不稳定，约有2/3的病人会继而发生急变。此阶段已为慢粒的晚期，治疗比较困难。在加速期病人一般对慢性期常规应用的治疗药物不再发生疗效，应考虑改变治疗方案。有报道原应用马利兰者改用羟基脲常有效。亦可考虑应用于加速期的治疗。发生急变后则首先应明确其急变的类型，再根据不同急变类型采取不同的治疗方案。急变90%为急粒变，其它类型的急变还包括：急淋变、急单变、急红白变、急巨核细胞变、急嗜碱性粒细胞变、恶性组织细胞变等。个别病人还可首先出现髓外急变。急变期的化疗方案基本是根据急变类型，参考急性白血病的治疗方案进行。
